Jedes einzelne Projekt im Rahmen des Programms von MUS-E wird zusammen mit dem Koordinator geplant. In Absprache mit ihm sowie zwischen Lehrperson und Kunstschaffenden werden die Module für (typischerweise) vier Semester nach den Bedürfnissen der Klasse ausgerichtet.
Bei der Projektdurchführung bringen die Kunstschaffenden ihre künstlerische Kompetenz ein. Die Lehrperson ist dabei anwesend. Im Laufe eines MUS-E Projekts diskutieren Lehrpersonen und Kunstschaffende laufend ihre Arbeit.
Wichtig ist bei MUS-E Projekten die Einstellung, dass es für die Leistungen und den Input der Kinder kein "Richtig oder Falsch" gibt. Ihre Leistung wird nicht bewertet. Zentral ist, dass jedes Kind seine Stärken entdecken und entfalten kann.
Bei einem MUS-E Projekt ist wirklich "der Weg, also die aktive Betätigung der Kinder in einem Kunstbereich, das Ziel." Dennoch ist es von Vorteil, den Eltern und anderen Interessierten das Geschaffene am Semesterende zu zeigen. Wenn es keine Abschlussveranstaltung gibt, wäre es wichtig, besonders den Eltern den Besuch einer offenen MUS-E Stunde zu ermöglichen.
Nach ihrem Abschluss sollen die Module der MUS-E Projekte durch Lehrperson und Künstler/in evaluiert werden, um das Erreichte zu dokumentieren und aus der gemeinsamen Tätigkeit zu lernen.